磺基花菁5是一种深红色荧光团，广泛用于生物分子标记，最大激发波长为646 nm，最大发射波长为662 nm。激发波长超过600 nm且发射波长超过650 nm的远红色荧光标签对于成像技术很有价值，因为在这些波长下较低的背景自发荧光。此外，远红色荧光标记可以与近红色，橙色，绿色和蓝色标签同时成像，这对于多色成像是有利的。 

生物素或水溶性维生素H不仅在各种关键的代谢性细胞反应中起着必不可少的作用，而且对卵白蛋白糖蛋白抗生物素蛋白的亲和力也很高。抗生物素蛋白，抗生蛋白链菌素（抗生物素蛋白的细菌类似物）和中性抗生物素蛋白（去糖基化抗生物素蛋白）以高亲和力与生物素非合作结合。因此，sulfoCyanine5生物素偶联物可用于检测和定量不同来源样品中抗生物素蛋白，链霉亲和素和中性亲和素的生物素结合位点。

磺基花青素5生物素偶联物是一种水溶性试剂，其荧光独立于pH值4至pH10。生物素部分与荧光标签之间的柔性PEG3接头可与亲和素，链霉亲和素或中性亲和素结合，而不会造成空间问题。 

磺基花菁5生物素偶联物的主要应用包括成像（例如用于Western Bloting的一抗和二抗标记，免疫测定，细胞和组织化学，流式细胞仪），亲和力和解离常数测量，基于链霉亲和素的传感器等。