两种花菁衍生物Cyanine3和Cyanine5的结构仅因共轭多烯键中碳原子的数量而不同，它们由密切相关的类似物Cyanine3.5和Cyanine 5.5连接在一起，可以亚磷酰胺的形式获得。通常在5'末端添加一次花菁染料，并且应在合成仪上将MMT基团除去。MMT阳离子（黄色）的吸收率与DMT阳离子（橙色）明显不同，因此，基于吸收率的三苯甲基监测器会错误地将其检测为低耦合。另一方面，电导率检测器将更正确地解释释放。花青染料亚磷酰胺也已成功地在3'末端附近使用。还提供了Cyanine3和Cyanine5支持物，以简化3'花青染料标记的寡核苷酸的生产。

不管所用单体上的碱保护基团如何，都可以在室温下用氢氧化铵对含花菁染料的寡聚物进行脱保护。如果需要在高温下使用氢氧化铵，则花青3和花青3.5比花青5和花青5.5更稳定。然而，始终谨慎使用具有碱不稳定保护基的单体，以将脱保护过程中在65℃下的暴露时间限制在2小时或更短。

为了更好地解决近红外（NIR）成像中的应用问题，Glen Research提供了一种水溶性Disulfo-Cyanine 7叠氮化物，可以通过标准点击化学将其轻松偶联至DNA和RNA。这种长波长染料具有改善溶解度，减少聚集和改善近红外光谱稳定性以及点击化学方便的优点。

一般性质